I samarbetena ingår såväl myndigheter och forskare som privata aktörer. Ambitionen är att skapa kontaktytor och möjligheter till samarbeten.

Vrak samverkar med museer, myndigheter och andra parter som vill bevara och tillgängliggöra kulturarvet under vattnet. Museet anordnar konferenser och sportdykarseminarier, ingår i forskningssamarbeten och arbetsgrupper, koordinerar kunskapsnätverk och deltar i nätverk mot plundring.